¿Se pueden establecer diferencias respecto lo definido en las instrucciones técnicas?

Sí, siempre que no se incumpla la normativa aplicable. Se contempla en las propias instrucciones técnicas como Medio Alternativo de Cumplimiento (MAC).

Para más detalles se puede consultar el apartado 7 de la APTO-15-ITC-104, (Seguridad Operacional/Instrucciones Técnicas), así como en la propia disposición adicional única de la Orden TMA/692/2020 en su punto 2, para el caso de la instrucción técnica para suministro de combustible.